Pendik ilçesinde sağlık işlemlerini Sağlık Grup Başkanlığı yürütmektedir. Sağlık Grup Başkanlığına bağlı 23 Sağlık Ocağı, 3 Sağlık Evi hizmet vermektedir. Bunun yanında 1 Ana Çocuk Sağlığı ve Aile Planlama Merkezi, 1 Verem Savaş Dispanseri ve 1 Halk Sağlık laboratuvarı vardır.
Pendik Devlet Hastanesi ise Pendik Merkezin dışında Kaynarca, Sapanbağları ve İstasyon Semt Poliklinikleriyle hizmet vermektedir.
Anadolu Yakası’nın en büyük hastanesi olma özelliğini taşıyan 540 yataklı Marmara Üniversitesi Pendik Eğitim ve Araştırma Hastanesi hizmet veriyor.
4 özel hastane, 8 poliklinik, 8 tıp merkezi, 5 ağız ve diş polikliniği, 100’ün üzerinde muayenehane, 41 adet çeşitli branşlarla ilgili laboratuvar, 2 diyaliz merkezi ve 13 sağlık kabini ile 144 eczane sağlık sektörü adına hizmet vermektedir.